Od początku istnienia Uczelnia pozostaje przy postawionym sobie szczytnym celu – kontynuacji dzieła sławnej niegdyś Akademii Zamojskiej, której celem było rozwijanie i kształtowanie świadomości humanistycznej wśród młodzieży, jak również przygotowywanie studiującej młodzieży do uczestnictwa w życiu publicznym regionu i kraju. Cele te Akademia Zamojska realizowała bardzo sumiennie. Stała się miejscem spotkań oraz prowadzenia prac badawczych przez wielu współczesnych uczonych głównie z nauk prawno – administracyjnych, np. wybitnego polskiego teoretyka prawa polskiego, Tomasza Dreznera, czy Szkota Williama Bruce’a, prawnika i dyplomatę, autora sławnej charakterystyki Rzeczpospolitej szlacheckiej z roku 1598. Wyższa Szkoła Humanistyczno – Ekonomiczna im. Jana Zamoyskiego z siedzibą w Zamościu chce służyć regionowi i krajowi nauką i wiedzą, kształcąc kolejne pokolenia młodych ludzi. Pragnie również, by Imię jej zrosło się na zawsze z historią Zamościa – miasta innego od wszystkich na świecie.
